JR西日本は7月11日、平成30年7月豪雨で被災した線区のうち、復旧までに1か月以上を要すると想定される線区を次のようにまとめた。

■山陽本線／三原～海田市・柳井～徳山。
■姫新線／上月～新見。
■津山線／野々口～牧山。
■伯備線／豪渓～上石見。
■芸備線／新見～下深川。
■福塩線／府中～塩町。
■因美線／津山～智頭。
■呉線／三原～海田市（全線）。
■岩徳線／岩国～櫛ヶ浜（全線）。

これらの線区では、大半が土砂流入や斜面崩壊、盛土流出といった被害が起きているが、電化区間の山陽本線や伯備線では変電所が水没するという深刻な事態に陥っている。

そのため、伯備線を通過する特急『やくも』と特急『サンライズ出雲』（東京～岡山間で併結する『サンライズ瀬戸』を含む）、因美線を通過する特急『スーパーいなば』の全面運休が続いている。

これらの状況を受けてJR西日本では、山陽本線については、山陽新幹線新倉敷～広島間と新岩国～徳山間で『ひかり』『こだま』の普通車自由席に限り、普通乗車券で利用できる代替輸送を実施している。

一方、橋りょう流出で予讃線本山～観音寺間が不通となっているJR四国では、7月11日から当面の間、同区間を通過する『しおかぜ』『いしづち』などの特急のうち、岡山・高松～多度津間と観音寺～松山間のそれぞれで上下各7本が部分運休する。

また、普通列車は児島～多度津間で8本、高松～坂出間で2本、観音寺～伊予西条間で12本を運休としている。

土砂流入により、高山本線の飛騨金山～下呂間と飛騨古川～猪谷間で運転を見合わせているJR東海では、同区間を通過する特急『（ワイドビュー）ひだ』を7月11日以降全面運休としている。これらの区間では現地の詳細な情報すら掴んでいない状況で、復旧の見込みはまったく立っていない。

JR九州では、運転を見合わせている肥薩線のうち、当初、代替輸送を行なっていなかった人吉～吉松間で、7月11日から朝・夕方の上下各1本でタクシーによる代替輸送を開始している。

JR貨物では、山陽本線、伯備線、予讃線の復旧見込みが立たないことから、倉敷～新南陽・伯耆大山間、宇多津～松山間で貨物列車の運行を中止している。

JR西日本は7月18日、平成30年7月豪雨に伴なう同日以降の運行計画を発表した。

7月18日は、山陽本線福山～三原間と因美線用瀬（もちがせ）～智頭（ちず）間で運行が再開されたが、7月19日は舞鶴線西舞鶴～東舞鶴間、7月21日は山陰本線益田～東萩間で運行が再開される見込みとなった。これにより舞鶴線と山陰本線は全線で運行再開となる。

また、伯備線豪渓～上石見間については8月中旬の運行再開が見込まれている。

バス代行については、7月19日から伯備線で開始されるほか、姫新線上月（こうづき）～新見間、因美線津山～智頭間、芸備線新見～備後落合間でも実施される計画となっている。

JR西日本以外の路線でもバス代行が行なわれており、7月18日は、岡山県の井原鉄道総社～三谷間で開始。錦町～北河内（きたごうち）間で運行を再開した山口県の錦川鉄道でも、北河内～岩国間で開始されている。

一方、高山本線が一部被災しているJR東海は、7月18日に飛騨金山～下呂間が8月半ばに運行を再開する見込みと発表。高山本線を通過する特急『（ワイドビュー）ひだ』も、同区間の復旧を機に一部の列車が運行を再開する予定。

高山本線ではこのほか、坂上～猪谷間で運転を見合わせているが、盛土や線路設備などの被害が大きく、運行再開までには数ヶ月を要する見込みとされている。

山陽本線東福山～新南陽間、伯備線倉敷～伯耆大山間、予讃線宇多津～松山間で貨物列車の運行を中止しているJR貨物は、山陽本線新南陽～福岡貨物ターミナル間に1往復の貨物列車を運行。

岡山貨物ターミナル～広島貨物ターミナル間、広島貨物ターミナル～北九州貨物ターミナル・福岡貨物ターミナル間、岡山貨物ターミナル～新南陽間では、滞っている貨物を優先してトラックによる代行輸送を実施。

北九州貨物ターミナル～東水島間と福岡貨物ターミナル～百済（くだら）貨物ターミナル間では船舶による代行輸送も実施している。

JR西日本は7月18日に開催した社長会見で、平成30年7月豪雨で長期間の運行見合せが見込まれる区間の再開目途を明らかにした。

それによると、芸備線狩留家（かるが）～備後落合間は、運行再開まで少なくとも1年以上を要するという見通しが示されており、不通区間の中ではもっとも深刻な状況となっている。

一方、広島・山口エリアの最重要幹線である山陽本線は、三原～白市間が11月中、白市～瀬野間が10月中、瀬野～海田市間が8月中旬、柳井～下松間が9月末、下松～徳山間が8月1日に運行再開の見込みとされ、11月中に全線復旧する見込みとなっている。JR西日本の被災箇所は279ヶ所に及んでいるが、山陽本線は63ヶ所と最も多い。

また、山陽本線の支線で、三原駅（広島県三原市）と海田市駅（広島県海田町）を結ぶ呉線は三原～広間が2019年1月中、岩国駅（山口県岩国市）と櫛ケ浜駅（山口県周南市）を結ぶ岩徳（がんとく）線は10月中の再開予定とされており、呉線の被災が深刻であることを物語っている。