그렇다면 임나일본부설의 문제점은 무엇일까? 어떤 모순점을 안고 있기에, 교과서를 수정해야 하는 것인가?

첫째, 임나일본부의 이름의 모순부터 생각해 보자. 일본은 7세기 이전에는 국호가 없었다. 단지 일본으로 불렸을 뿐이다. “일본”이라는 국호는 7세기 말에 처음으로 사서에 등장을 한다. 따라서 4세기 말에 한반도에 세워졌다는 통치기관에 “일본”이라는 말이 들어갈 수는 없다. 이것은 누군가에 의해 일본이라는 국호가 사용된 7세기 말 이후에 임나일본부라는 기관 이름을 만들어낸 것이라고 볼 수 있다.

둘째, 4세기 초에 성립한 야마토 정권이 과연 고작 수 십 년 후인 369년 바다를 건너 한반도 남부까지 지배하는 능력이 됐을까를 생각해볼 수 있다. 당시 왜는 아직 제철 기술도 없어서 가야에서 철광을 수입하여 철제 투구와 철제 무기를 만드는 실정이었고 4세기까지는 말도 탈 줄 몰랐다. 5세기부터 겨우 말을 사육하여 타게 됐다. 이러한 왜가 어떻게 말을 자유자재로 타고 다니며, 철제 무기를 다량 소유하고 있는 가야를 정복할 수 있을까?

셋째, 고구려는 과연 야마토 정권의 굳센 저항에 부딪혀 한반도 남부 지역을 정복할 수 없었을까? 당시 왜는 백제의 요청에 의해 출병한 원군이었을 뿐이다. 주력 부대는 어디까지나 백제군이었다. 그리고 광개토대왕의 비문에 의하면, 왜군은 광개토대왕의 군대에 의해 괴멸당하며, 패퇴일색이었다. 대표적인 기록이 광개토대왕의 경자년 전투에 대한 다음의 비문이다.

(영락)10년 경자에 보병과 기병 5만을 보내, 신라를 구원하게 했다.(…)관군이 이르자 왜적이 물러가므로, 뒤를 급히 추격하여 임나가라의 종발성에 이르렀다. 성이 곧 귀순하여 복종하므로, 순라병을 두어 지키게 했다, 신라의 농성을 공략하니 일본인는 위축되어 궤멸됐다…

후소샤와 지유샤 교과서는 똑같이 광개토대왕의 신묘년 기사를 해석과 함께 소개하여 광개토대왕의 군대와 싸운 군대가 임나를 기반으로 하고 있는 야마토정권의 군대인 것처럼 서술했다. 그러나 단지 “왜”로만 표현되어 있는 군대가 과연 야마토 정권이 보낸 군대인가 하는 것은 확실치 않다. 또한 신묘년 조를 둘러싸고 여러 주장이 있는 데도, 여기에 대한 언급은 전혀 없이 비문의 내용을 자의적으로 해석하여 제시하고 있다.

넷째, 임나일본부가 만약 가야를 200여 년간 통치했다면, 가야 땅에서도 왜와 관련한 유물이 쏟아져 나와야 한다. 일례로 낙랑이 수백 년간 지배했던 평안도 지역에서는 중국 한나라 지배계층의 사치품들이 많이 발굴됐다. 그러나 가야 땅에서 나오는 것은 장기간에 걸쳐 가야가 자체적으로 발전해 나간 가야적인 유물들만 출토되고 있다.

다섯째, 가야는 예로부터 철의 왕국이었다. 지금도 가야 땅에서 쏟아져 나오고 있는 유물은 철로 된 투구, 갑옷, 철제검, 철정이라는 철덩어리들이다. 특히 환두대도와 함께 철제 갑옷과 철제미늘쇠(돌출된 부분으로 달리는 적의 기병을 끌어 떨어트리는 무기)가 발굴되는 것은 가야가 군사적으로도 강한 나라였다는 것을 반증하는 것이다.

임나일본부설은 이미 1920년대부터 일본 학자들에 의해 부인되기 시작했다. 그 대표적 학자가 쓰다 소키치(津田左右吉)로, 그는 임나일본부를 기록하고 있는『일본서기』가 얼마나 설화적 이야기로 가득찬 사서인가 하는 것을 논리적인 고증을 통해 입증했다. 그 후로부터 최근까지 일본 학자들은 임나일본부의 성격을 지배기관이 아니라, 왜 왕권이 한반도의 선진문물을 적극 수용하기 위해 임나에 파견한 외교적인 성격을 띤 사절단, 혹은 왜인들을 초빙한 가야 여러 나라들의 외교기관으로 인식하고 있다.

한국 사학계에서 임나일본부와 관련한 대표적인 연구주자는 북한의 김일성대 총장을 역임한 김석형과 언론인 출신의 사학자인 천관우를 빼놓을 수 없다. 김석형은 일본 측이 임나일본부설의 결정적 증거로 주장하는 칠지도에 대한 해석을 백제가 왜에 하사한 것으로 뒤집음으로써 한국 사학계의 반격을 선도했고, 천관우는 임나 기록의 주체를”왜”가 아닌”백제”로 해석하여, 왜 계통의 용병을 거느린 백제가 369년부터 562년까지 북부 가야 지역을 지배했다는 학설을 내놓아 학계에 신선한 충격을 주었다. 재일 사학자 이진희는 문제가 되는 광개토왕비의 신묘년 기사를 일본 군부가 석회를 발라 위조했다는 주장을 내놓았고, 그 후 이 주장에 대해 한중일 역사학계가 각각 다른 주장을 펼치면서 논란의 열기는 현재까지 식지 않고 있다.

한마디로 한국 사학계에서는 임나일본부설은 도저히 인정할 수 없는 허구적인 학설로 생각되고 있다. 삼국사기는 물론 삼국유사에도 전혀 거론되고 있지 않으며, 여러 가지 정황과 고고학적 증거로 볼 때도 임나일본부설은 인정될 수 없는 것이다.

2001년 일본의 역사교과서 왜곡 사태를 계기로 양국 정상간 합의에 따라 2002년 출범한 한일역사공동연구위원회는 2008년 12월 도쿄에서 열린 합동심포지엄에서, 임나일본부설은 사실상 역사적 사실이 아니라는 결론에 도달한 사실을 공식적으로 발표했다.