보통 한국의 웹사이트는 언어를 인코딩할때
EUC-KR 방식을 대부분 이용합니다.
유니코드의 경우에는 UTF-8을 많이 사용하죠.

일본어의 경우에는
Shift JIS 또는 Shift JIS X0213, EUC, ISO 2022-JP
이렇게 크게 4가지 인코딩을 사용합니다.

여기서 서로 다른 인코딩을 사용할 경우에 ECU-KR로 작업한 문서는 JIS 인코딩으로 변환하는 도중 글자가 깨질 수 있습니다.

가능하면 일본어 인코딩을 사용할 수 있는 사이트를 이용하는 것이 좋을 것 같습니다.

추천을 해드릴 수 있는 것은 hotmail.com 과 yahoo.co.jp, gmail.com
세가지 입니다.

hotmail은 개인 정보에서 언어를 일본어로 변경하고 사용해야 일본어가 잘 보이고 보냈을때 받는 사람도 잘 보입니다. 자동으로 인코딩을 JIS로 해줍니다.

yahoo.co.jp 도 JIS 엔코딩을 사용합니다.
이것은 기본언어가 일본어 입니다.

gmail.com은 유니코드를 사용합니다.
한국어와 일본어 모두 잘 됩니다.

windows 유저들은 windows XP가 아닌 2000, 98 등은 반드시 한글 windows에서 일본어 언어팩을 설치하셔야 합니다.

macintosh 사용자는 OS 9의 경우에는 다로 일본어 랭귀지 팩을 설치하시고
OS X의 사용자는 OS에서 전세계 모든 언어를 지원하니 바로 사용하시면 됩니다.

저의 경우에는 mac OS X을 사용합니다.
yahoo.co.jp 메일과 gmail.com 을 사용하고 있습니다.
이것을 추천하고 싶네요.