11일 오전 10시 25분 무렵, JR나가사키선우라카미-현천(제 정신이 원)간의 나가사키 터널(전체 길이 약 6킬로, 나가사키시) 내에서, 나가사키발하카타행특급 「갈매기 16호」(6 양편성)이, 이음을 감지했기 때문에 긴급정지했다.승무원등이 확인했는데, 터널의 바로 위에서 굴착 공사를 실시하고 있던 기재가 천정부를 관통해 선두 차량의 좌측면 등에 부딪쳤던 것이 판명되었다.승객 약 150명에게 부상은 없었다.

　JR큐슈등에 의하면, 부딪친 것은 막대 모양의 금속제 굴착 기재로, 수십 미터상의 지상으로부터 성장하고 있었다.터널의 천정에는 직경 15센치의 구멍이 열리고 있어 선두 차량 이외에도 손상한 차량이 있다라고 한다.

　굴착 공사는 철도·운수 기구가 발주.현장 주변에서는, 큐슈 신간선 나가사키(니시큐슈) 루트 관련의 건설공사에 수반해 일부의 우물에서 물이 줄어 들고 있어 대책으로서 우물의 시굴을 실시하고 있었다.차량과 접촉한 후, 굴착 기재를 끌어올렸다고 한다.

　기구측도 시공 업자도 도면상, 굴착 장소는 터널에 걸리지 않는다고 하는 인식이었다고 좋은, 같은 비행기구는 「한 걸음 잘못하면 대사고로 연결될 가능성이 있어, 심각하게 받아 들이고 있다.원인 구명을 철저하게 실시해, 재발 방지를 위한 대책을 검토해 안전한 시공에 노력한다」라고의 코멘트를 보냈다.

　JR큐슈는 사고의 약 2시간 후, 차량을 현카와역에 이동시켜, 준비한 버스로 승객을 옮겼다.구멍을 막는 등의 응급 조치를 실시해, 약 5시간 45 분후에 차례차례 운전을 재개했다.이 사고의 영향으로, 특급·보통 열차의 합계 39개가 운휴하는 등 해, 약 6000명에게 영향이 나왔다.